Skoda często do "małych" silników R stosuje akumulator 12 V 36 Ah.
Jest to wystarczające, ale jest  na granicy stabilności układu. Najprościej obciążenie i stabilizację układu elektrycznego widać przy włączonych światłach przy kręceniu kierownicą. Można obserwować chwilowe przygaszanie świateł.
Wracając do tematu:
Nie podajesz jakiego rodzaju masz mieć obciążenie akumulatora? Bo jeśli kilka "uderzeń" jak podajesz - to akumulator wytrzyma. Jak więcej - częściej no to masz problem.
Akumulator pojemności rzędu 50 Ah jest o 14 Ah większy. Jest to (tylko) 40 % więcej. Pytanie - czy tyle Tobie wystarczy? Samo zwiększenie pojemności akumulatora nie ma wpływu na obciążenie alternatora. Bezpieczniki i regulator napięcia również będą dalej pracować bez zmian. Trudno mówić o całkowitym naładowaniu akumulatora - nawet tego firmowego. Praktycznie po kilku/kilkunastu tygodniach użytkowania każdy akumulator będzie miał 70 - 90%  swojej nominalnej pojemności. Podobnie będzie dla wymienionego, większego akumulatora. Rozwiązanie to podładowanie akumulatora raz na kilka miesięcy (w zależności od użytkowania pojazdu, obciążenia akumulatora, pory roku,...).  
Sam problem zamiany akumulatora można załatwić bez obsługi ASO. W nowszych rocznikach jest układ kontrolujący stan akumulatora i przy zamianie akumulatora na nowy mogą wystąpić problemy (różnica napięć i pojemności).
@Freshfrogh czy nie prościej by było założyć/zamocować samodzielny akumulator - np. do bagażnika? Wtedy nie ingerujesz w instalację i nie obciążasz pokładowego akumulatora.
Pozdrawiam

Ja w swoim rapidzie mam akumulator firmy exite czy jakoś tak o pojemności jak dobrze pamiętam ~36Ah. Pierwszy oryginalny z tej firmy padł po około 10 miesiącach, w ramach gwarancji został wymieniony na identyczny nowy, gdyż takowy zaleca producent. O dziwo w MY13 lub 14 identycznym SB, ale z 1.2TSI 90KM był mocniejszy ~60Ah, który dostałem na zamianę, póki mój był niesprawny.
Ze względu, że ostatnio już pomimo co jakiś czas ładuję go prostownikiem do pełna, potrafi wyrzucić mi komunikat komputer pokładowy o LOW BATTERY zastanawiam się nad jego wymianą, który z poniższych będzie lepszym wyborem?
Bosch S4 0092S40020 52Ah, 470A, L-
czy może Bosch S5 0092S50020 54Ah, 530A, L-

Aktualne silniki benzynowe do R mają rozruszniki wysokoobrotowe, o zmniejszonym poborze prądu. Nie ma potrzeby zasilania takiego rozrusznika z akumulatora o większym prądzie rozruchu. Przy poprzednim akumulatorze 36 Ah przejście na aku rzędu 44 - 45 Ah jest całkiem wystarczającym rozwiązaniem. Przy aku pojemności 50 Ah i więcej, przez rozrusznik płynie jeszcze większy prąd (akumulator ma mniejszy opór wewnętrzny). Na początku układ rozrusznik będzie pracował poprawnie, jednak z czasem jego zachowanie może sprawiać problemy. Może to pochodzić właśnie ze zwiększonych prądów płynących przez elementy rozrusznika.
Przy zastosowaniu większego akumulatora, mamy na pokładzie dodatkowe, stałe obciążenie zwiększoną wagą akumulatora.
@fludi - wygląda na to, że masz R bez systemu SS. Nie ma potrzeby stosowania aku AGM, do tych roczników bez SS wystarczy zwykły, bezobsługowy akumulator.
Moim zdaniem wystarczającym jest przejście na aku pojemności rzędu 50 Ah.