Prawdopodobnie nie masz R z systemem START-STOP. W tym ukladzie ładowanie akumulatora (standardowe - prądem do 0,1 pojemności akumulatora) może odbywać się przez podłączenie bezpośrednio do zacisków akumulatora ale też i tak jak planujesz - przez gniazdko zapalniczki. To gniazdo nie jest podłączone przez żaden układ czasowy i jest wciąż połączone z akumulatorem.  
Jedynym małym minusem takiego rozwiązania jest prowadzenie kabla z ładowarki do kabiny, do gniazdka zapalniczki. Przez pierwsze kilka minut (przy niedomkniętych drzwiach) lampka sufitowa będzie się paliła, po czym automatycznie zgaśnie. 

a jak jest z ładowaniem rapida z ss, jakieś wskazówki?

Faktycznie nie mam SS. Mój R ma już 3 lata i dziś rano odpalajac go słyszalem jak już rozrusznik słabiej kreci, dlatego moje pytanie odnośnie ładowania. Auto stoi w bkaszaku na co dzień więc dla mnie osobiście będzie bardziej wygodnie doładowywać go z gniazdka zapalniczki co dziennie po trochu, przez uchylona szybę. Dzięki za info

Tak, moduł J367 jest "zabudowany" na "-" zacisku akumulatora. Dopiero za modułem jest kabel do masy samochodu. Dlatego właśnie nie wolno podłączać ładowarki wprost do akumulatora, tylko za tym modułem. Dojdzie do ładowania bez modułu, który podaje sygnał do jednostki centralnej, a tym samym do przekłamań w sieci samochodu.

To właśnie jest błąd w rozumowaniu. W pamięci kompa jest monitor napięcia. Po odłączeniu akumulatora i jego podładowaniu, napięcie na zaciskach akumulatora jest inne (wyższe) niż w pamięci, co komp traktuje jako błąd. I tu potrzebny jest VCDS albo wizyta w ASO.
Tak samo jest przy wymianie akumulatora - potrzebna jest jego kalibracja.
Także należy (w wersjach z monitorem stanu akumulatora J367) bardzo ostrożnie podchodzić do dowolnego (samodzielnego) odłączania akumulatora lub jego podładowywania z pominięciem J367. 

Faktycznie, straszna lipa i kolejna kłoda rzucona pod nogi użytkownikowi. Ciekawsza tym bardziej, że dzwoniłem wtedy do ASO z pytaniem jak się to cholerstwo zdejmuje, to dostałem jedynie odp "Proszę szukać ukrytej śrubki, a w każdym modelu Skody jest ona umieszczona w innym miejscu." Czyli nie dość, że zlewka na maxa, to jeszcze pan nie raczył mnie poinformować o ewentualnych konsekwencjach.
Czyli najlepszą opcją jest ładowanie przez gniazdo zapalniczki. Szkoda tylko, że te prostowniki, które polecacie są takie drogie.

To jak w taki razie ładować akumulator w Rapidzie z stop/startem? (coś mi się wydaje że nie bedzie to takie łatwe?)

moderator: W 5. poście masz info.

Jak masz system SS - to ostrożnie z odłączaniem akumulatora. Powyżej jest uwaga - że w samochodzie jest układ monitorujący stan akumulatora. Stan akumulatora jest zapamiętywany w komputerze. Jak odłączysz aku (do naładowania) i ponownie podładowany już podłączysz do sieci w samochodzie- może wystąpić błąd. Będzie potrzebna kalibracja napięć w sieci (zgranie poziomów napięcia aku z zapamiętanym napięciem z przed odłączenia). To zrobi ASO lub ten kto potrafi VCDS-em.
Dlatego prostszym rozwiązaniem (zalecanym przez producenta) jest normalne ładowanie aku w samochodzie, bez jego odłączania.
Jeżeli jednak chcesz wyjąć aku z samochodu, to musisz zablokować (przyciskiem na środkowej konsoli) wszystkie drzwi, a drzwi kierowcy otwierać/zamykać ręcznie kluczem. Alarm (najprawdopodobniej w Twojej wersji) ma samodzielny akumulator, i powinien działać, niezależnie od aku głównego.

Ostatnie 3 wiersze ...

Masz wyłącznik AA?
Poszukaj w swojej książeczce (każdy MR może mieć inne rozłożenie) bezpiecznika od AA - czy jest i gdzie. I popróbuj z jego wyjęciem.